La rivière Saguenay, émissaire du lac Saint-Jean, coule jusqu'au fleuve Saint-Laurent. Le toponyme est issu du mot amérindien sakinipi, c'est-à-dire « eau qui sort » ou « d'où l'eau sort ». Dans sa Relation de 1535-1536, Jacques Cartier évoque déjà le « Royaume du Saguenay » que draine la rivière du même nom. Depuis longtemps une route importante pour le commerce des fourrures, c'est à son confluent avec le fleuve, à Tadoussac, que Pierre Chauvin fonde en 1600 le premier poste de traite du Canada. Plus tard, l'industrie forestière et l'hydroélectricité tireront profit de ce cours d'eau majestueux.

Le bas Saguenay est un fjord spectaculaire façonné par les glaciers il y a quelque 10 000 ans. Large d'environ 2 km, il est bordé de falaises qui atteignent par endroits 500 m de hauteur. Ses eaux profondes sont le lieu de reproduction du béluga, tandis que l'endroit où la rivière rencontre le Saint-Laurent attire le phoque commun, le petit rorqual et parfois même la baleine bleue. Pour protéger les eaux du fjord, on a créé le Parc marin du Saguenay-Saint-Laurent.

Le nom Saguenay désigne également la municipalité fondée en 2002 à la suite de la fusion des municipalités de Lac-Kénogami et de Shipshaw, des villes de Chicoutimi, de Jonquière, de La Baie et de Laterrière ainsi que d'une partie de la municipalité du canton de Tremblay.

Ancien toponyme
La rue du Saguenay portait à l'origine le nom d'avenue Saguenay, adopté vers 1963.