Ce toponyme a été adopté dans le cadre de l'harmonisation des noms de rues, rendue nécessaire par le regroupement municipal du 1er janvier 2002.

Au milieu du 17e siècle, Atsena est le chef du clan de l'Ours de la nation des Hurons-Wendat. Après la guerre que leur ont livrée les Iroquois pendant des années, les Hurons-Wendat, originaires de la péninsule ontarienne, ont été contraints de se rallier à leurs ennemis et se sont dispersés. En 1650, un petit groupe issu de la Confédération wendat migre vers Québec, espérant la protection des Français. Mais les Iroquois continuent leurs raids jusque dans la région de Québec, obligeant finalement Atsena et ses compatriotes du clan de l'Ours à se rendre aux Kanienkehaka, peuple de la Confédération iroquoise établi au sud-est des Grands Lacs. Atsena obtient toutefois que les clans du Rocher et de la Corde ne soient pas forcés de faire de même. Plus tard, le clan du Rocher se joint aux Onondagas, qui vivent dans l'actuel État de New York, tandis que la majorité des membres du clan de la Corde choisissent de demeurer près de Québec. Ils sont les ancêtres de la plupart des Wendat de Wendake.

Ancien toponyme
La rue Atsena portait initialement le nom de rue Alain, d'origine inconnue, adopté vers 1978.