Le vocable Duberger rappellerait l'existence du ruisseau du Berger désigné ainsi dès le 17e siècle. On retrouve en effet ce nom sur une carte de 1686 et sur une autre de 1707. Une deuxième hypothèse, que rien ne permet cependant de confirmer, veut que ce nom rende plutôt hommage à Jean-Baptiste Duberger, l'un des rares architectes des premiers temps de la colonie, à l'époque de Jean Talon.

La dénomination du parc veut rappeler le nom du quartier de Duberger, aujourd'hui dans le quartier de Duberger-Les Saules.

La rue Duberger, dans l'arrondissement de Charlesbourg, a probablement emprunté son nom à la rivière du Berger qui coule à proximité.